Es wird vermutet, dass die Blaualgen damals - wie auch heute - die Urheber der Stromatolithen sind. Blaualgen sind die einfachsten Photosynthese treibenden Organismen die man kennt. Bei der Photosynthese wird dem Wasser Kohlendioxid entzogen, was zur Abscheidung von Kalk und damit zur Bildung der Knollen führt.
Die erste Photosynthese war aber noch unvollkommen. Heute hat eine Zelle zwei Photosynthesesysteme. Das eine spaltet das Kohlendioxid und das andere das Wasser:
6 CO2 + 6 H2O + Lichtenergie » C6O6H12 + 6 O2
So verläuft heute die Photosynthese, dabei wird Sauerstoff frei. Die ersten Zellen werden aber nicht Wasser sondern Schwefelwasserstoff gespalten und dabei Schwefel freigesetzt haben :
6 CO2 + 12 H2S + Lichtenergie » C6O6H12 + 12 S + 6 H2O
Dazu benötigt die Zelle nur ein Photosystem anstatt zwei, da Schwefelwasserstoff leichter als Wasser zu spalten ist und zudem wird kein - für die einfachen Zellen toxischer - Sauerstoff frei. Noch heute finden sich unter den Blaualgen Arten, die genau diese Art von Photosynthese betrieben. Diese nutzen diese Art der Photosynthese auch heute noch um Energie zu gewinnen, die zur Fixierung des Luftstickstoffes benötigt wird. Damit sind diese Zellen auch noch abhängig von organischen Stickstoffverbindungen und können ihre gesamte Zellsubstanz selbst aufbauen. Der im Wasser unlösliche Schwefel bildet vor 3.5-3.4 Mrd. Jahre die ersten ausgedehnten Schwefellagerstätten.
Damit war nun auch der Weg frei für die Gärung auf Basis organischer Substanzen. Mit den Blaualgen standen aber nun zum ersten mal Organismen als Nahrung zur Verfügung die sich ohne organische Substanzen vermehren konnten.